בחג הסוכות במקדש הייתה מתקיימת שמחת בית השואבה, וניסוך המים.
בנוסף, היו מקיפים את המזבח עם ארבעת המינים – בדרך כלל פעם אחת, ובהושענא רבה 7 פעמים. בגלל שהמצווה היא בהקפת המזבח – היו מקיפים גם בין האולם והמזבח, למרות שבדרך כלל הכניסה מותרת רק לכהנים הלבושים בבגדי כהונה.
בשנים שאחרי שנת שמיטה, היו מקיימים גם את מצוות הקהל במקדש – כל עם ישראל מתכנס, וקוראים פרשיות מהתורה.
במהלך ימי חג הסוכות היו מביאים 70 פרים לקרבן – שלושה עשר פרים ביום הראשון, שנים עשר ביום השני וכן הלאה. בנוסף לפרים שהיו מקריבים בכל יום, הקריבו גם שני אילים, ארבעה עשר כבשים ושעיר חטאת אחד.