בזמננו שהמקדש חרב, אנו אומרים את סדר הקטרת הקטורת בכל יום בסוף התפילה, והוא כולל את הציווי על מעשה הקטורת מפרשת כי-תשא ואת הברייתא 'פיטום הקטורת' (כריתות ו,ב; ירושלמי יומא ד), על דרך 'וּנְשַׁלְּמָה פָרִים שְׂפָתֵינוּ', שאמר אברהם אבינו להקב"ה:
"רבונו של עולם, תינח בזמן שבית המקדש קיים, בזמן שאין בית המקדש קיים מה תהא עליהם? אמר לו (הקב"ה): כבר תקנתי להם סדר קרבנות, כל זמן שקוראין בהן מעלה אני עליהן כאילו מקריבין לפני קרבן ומוחל אני על כל עונותיהם" (מגילה לא,ב)
וכך אנו נוהגים בימינו. ואולם, מעיון במקורות עולה כי לאחר חורבן בית המקדש היה המנהג הארצישראלי להקטיר קטורת בבתי הכנסת זכר למקדש. כך נמצאו אזכורים למנהג זה במקורות שאינם הלכתיים ואף בממצא הארכיאולוגי שבבתי הכנסת הארצישראליים מתקופת המשנה והתלמוד, והם נחקרו על ידי זהר עמר בספרו 'ספר הקטורת'.
ציטוט מאמארו של פינחס אברמוביץ'
לעיון בכל המאמר, מנהג ההקטרה בבתי כנסיות לחץ כאן